Laboratoř hydrobiologie je jedna z nejmoderněji vybavených odborných učeben SRŠ. Probíhají zde zejména cvičení z hydrobiologicky laděných předmětů, ale také cvičení z nemocí ryb nebo zpracování ryb. Hydrobiologiké dovednosti se utužují i díky 15 mikroskopům a 15 stereomikroskopům, které žáci používají např. při mikroskopování vzorků zooplanktonu a zoobentosu z rybníků, jakožto přirozené potravy kapra. Díky trinokulárním mikroskopům s kamerami může vyučující ukazovat studentům vzorky naživo i na obrazovce. Model dafnie nesmí chybět.
Odborná exkurze pro žáky 3. ročníku Chov ryb s Fakultou rybářství a ochrany vod JU.